Shkendija mag zwar keine jahrhundertelange Geschichte wie einige europäische Giganten vorweisen, doch seit seiner Gründung im Jahr 1979 hat es sich eine bedeutende Identität im mazedonischen Fußball erarbeitet. Der Verein aus Tetovo etablierte sich schnell als Mittelpunkt für die lokale Gemeinschaft und baute eine starke Verbindung zu seiner Fangemeinde auf.

Die Ecolog Arena dient mit ihrer Kapazität von 15.000 Plätzen als Heimspielstätte des Vereins, ein Ort, an dem die Leidenschaft seiner Anhänger regelmäßig zur Schau gestellt wird. Obwohl der Weg des Vereins von stetigem Fortschritt geprägt war, hat er stets danach gestrebt, auf höchstem Niveau in seiner heimischen Liga mitzuspielen.

Als ein vergleichsweise jüngerer Verein in der Landschaft des mazedonischen Fußballs wird die Geschichte von Shkendija noch immer maßgeblich geschrieben. Er repräsentiert ein modernes Kapitel im Sport für die Region und strebt danach, ein Vermächtnis aufzubauen und die Fußballzukunft des Landes maßgeblich zu prägen.